El debate sobre los fundamentos teóricos del Museo de la Memoria admite diversas aproximaciones.
Desde un punto de vista moderno la historia no tiene un fin trascendente; solo tiene el fin que el ser humano es capaz de construir, mediante el pensamiento, la ciencia y la técnica, para controlar los acontecimientos y a sí mismo. Es de valorar que, por esta vía, la modernidad haya podido formular teorías de Derechos humanos que permiten contrarrestar abusos y crímenes de Estado. Desestimar este esfuerzo deja abierto el camino a la barbarie. Pero, por esta misma vía, la modernidad progresista es la causa inmediata de la miseria del ser humano en los siglos XX y XXI. El neoliberalismo actual desestima los costos sociales de un crecimiento económico cuya única trascendencia es no tener fin alguno.
Para el cristianismo el Museo de la memoria es un imperativo ético no en relación con derechos que han de construirse, sino con personas con nombre y apellidos que no pueden ser olvidadas. Para los cristianos el Museo tiene un valor trascendente porque representa la oferta de un futuro digno a víctimas que nunca debieron ser torturadas, ejecutadas o desaparecidas. A estas víctimas les dice que la fe consiste en creer que el Dios del judeo-cristianismo hace justicia a esos seres humanos concretos que los constructores de la historia quieren y necesitan olvidar para seguir compitiendo por el mundo del que se están adueñando.
La idea de la resurrección de Cristo, como justicia para un nazareno ajusticiado injustamente, proviene de los macabeos que, unos ciento cincuenta años antes, fueron al martirio convencidos de que al final de la historia habría un Juicio. La memoria passionis de Cristo, el recuerdo eucarístico por dos mil años de un crimen injusto, rehabilita a Jesús y asegura a los olvidados que la historia tiene sentido. La memoria de la pasión es una apuesta por Dios y contra Dios. Es un grito de justicia contra Dios por no hacer nada ante el sufrimiento de los inocentes y por Dios porque espera que sí lo haga como lo hizo con Jesús.
El Museo de la Memoria tiene una importancia decisiva. Este y los otros memoriales del tipo en otros lugares del mundo representan el reconocimiento de la humanidad, no a un valor meramente excogitado por parlamentos internacionales; antes que esto, más todavía para los cristianos, representan el reconocimiento a unas víctimas que nunca merecieron el trato que se les dio. Nadie merece lo que sufre. No es admisible arrojar argumentos a favor o en contra del Golpe de Estado como si de ello dependiera abusar mucho, poco o nada de un ser humano. Los crímenes no son empatables.
El Museo de la Memoria exige que “hoy” los chilenos interrumpamos el curso de una historia que, si sacrifica seres humanos, no conduce a ninguna parte.